Trong thời gian hoạt động trong ngành Ngoại giao, Thứ trưởng Đặng Minh Khôi đã được trao tặng một số danh hiệu, bằng khen như sau[1]:

- Huân chương lao động hạng ba năm 2018 vì Đã có thành tích xuất sắc trong công tác từ năm 2012 đến năm 2016, góp phần vào sự nghiệp xây dựng Chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc;

- Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ năm 2011, 2018;

- Bằng khen của Bộ trưởng Bộ Ngoại giao năm 2010, 2011, 2014;

- Bằng khen của Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư năm 2018;

- Chiến sĩ thi đua cấp Bộ năm 2009, 2013, 2018 và Chiến sĩ thi đua cấp cơ sở các năm 2007, 2008, 2009, 2011, 2012, 2013, 2016, 2017, 2018./.